Según el Códice Mendocino, en náhualt, "huehue" significa anciano y la terminación "tlán" abundancia, por lo que Huehuetan puede interpretarse como el lugar en donde abundan los ancianos. Se sabe que Huehuetán es la población más antigua del Soconusco, fundada por el caudillo Balún Votán, quien penetrando a Chiapas por Tabasco, fundó primeramente la ciudad de Nachán, en Palenque; prosiguiendo su marcha invadió Xoconochco, en donde se estableció con su tribu, fundando la ciudad de Huehuetlan, posiblemente con el nombre de Mam, que fue el asiento o señorío de Xoconochco, y cuando ya quedó habitado este reino partió más tarde aquel caudillo llegando a tierras de centroamérica. Esta invasión, primera sobre el territorio Xoconochco, data de tres mil años, según la cronología Maya. El profesor Marcos E. Becerra sostiene que fue tan importante la influencia y el poder de Huehuetán que dio origen a la fundación de todo el reino quiché, de la misma Guatemala y de otras poblaciones al oriente.

Por todo lo anterior, resulta ser Huehuetán el nombre de toda una comarca que acogió a un pueblo con sello patriarcal que ya pertenecía a una cultura bien estructurada,  la de los maya del viejo imperio, que en conjunto se llamó Xibalbay.

La fecha exacta de la fundación de la población se ignora, pues su historia antigua documentada fue destruida en 1691 por el obispo de Chiapas, don Francisco Núñez de la Vega, quien al saber que en Huehuetán se veneraba con todos sus festejos y ritos a los ídolos mayas, destruyó todo tipo de reliquias, ídolos y antigüedades y, de acuerdo con testimonios que él mismo escribió, ocultó que mandó quemar vivos a indígenas, que sacrificó doncellas y hombres inocentes. Entre los documentos destruidos se encontaban varios libros, cuadernillos y códices religiosos de enorme valor que describían el verdadero ritual teogónico, la génesis y la historia antigua del pueblo, indicando también la existencia de tapianes o sacerdotisas consagradas al culto maya. Estos documentos estaban elaborados con cáscaras pulidas de amates sobre la cual los tlacuilos , o escribanos, anotaban la historia de los pueblos. Se escribía en secciones y se doblaban en forma de abanico para formar una especie de libro que los maya denominaban "anaites" y los azteca "amatl".

Huehuetán se ubica entre los 15º 01' de Latitud Norte y los 92º 25' de Longitud Oeste del Meridiano de Greenwich a una altitud promedio de 35 metros s.n.m. con temperatura media de 28º centígrados. Era una región independiente de los Mayas gobernada por el rey Huehuetoca, con dominio en todo el Soconusco, cuyas tierras abarcaban hasta Tonalá, como lo comprueba la cantidad de vestigios arqueológicos existentes en la zona, que revelan una cultura muy avanzada, comparable solamente con la maya.

La zona en general es arqueológica: desde Tolimán hasta Tepehuitz y desde el mar hasta la sierra. En toda esta zona se han encontrado restos de cerámica y monolitos, inclusive a flor de tierra. En la zona de Tepehuistín, hoyTepehuitz, en donde existió el pueblo de Tlacualoya, de origen precolonial y desaparecido posterior a la conquista, se encuentran varias piezas de piedra labradas y pirámides; Núñez de Vega menciona que en Huehuetán se encontraron las 20 esculturas que simbolizan los 20 días del calendario maya que eran adoradas por el pueblo indígena. Sobre el Sur existen algunos montículos, habiéndos encontrado en uno de ellos, unas tinajas y en su interior varios monolitos, perfectamente labrados. Al Noreste de la población, en la ribera del río, existe una cueva dentro de la cual la población antigua celebraba sus ritos a su manera, sacrificando animales y quemando copal a sus dioses.

El 22 de febrero de 1665, el Señor Principal de Huehuetán y tres alcaldes caciques escribieron una carta en su propia lengua al Lic. Francisco Briseño, Visitador y Juez Residente de la Audiencia de los Confines, quejándose de los malos tratos recibidos del Gobernador de la Provincia de Soconusco, D. Pedro Ordóñez, con residencia en esa cabecera y le pedían informase al Rey. Los nombres de los firmantes nativos son: Francisco Atemponeca, Melchor Tempixque, Domingo Aguiyahuacatl y Domingo Chiliticatl. 

Huehuetán fue la capital del Soconusco durante un periodo que duró 160 años, comprendido entre 1540 hasta 1700.

La iglesia fue construida alrededor de 1550, según se cuenta, junto a un árbol de "ixquixóchitl" que aún existe -1964- y que los aztecas plantraron a su paso muchos años antes. En Huehuetán existen las ruinas de la iglesia del siglo XVI.

Los días 12 y 13 de abril de 1586 y siendo entonces la mejor y más poblada ciudad de Soconusco, estuvo de paso en Huehuetán el comisario de la orden Franciscana, Fray Alonso Ponce, en viaje de Nueva España a Guatemala; se alojaron en casa del Gobernador y en casa del párroco del lugar. Frente a la iglesia, después de la misa, observó el religioso una piel de lagarto de enormes dimensiones, suspendida de un árbol, explicándole el párroco y los vecinos, que éste había devorado a dos nativos, motivo por el cual se le dio muerte.

Huehuetán, al mismo tiempo que era la capital de la provincia de Soconusco, fue cabecera de curato durante la Colonia; perteneciéndole al curato Huista, Tuzantán, Nejapa y Mazatán. Durante el tiempo de la conquista la población alcanzaba los 600 habitantes, cantidad que para 1611 disminuyó a 480 y para 1521 se contaban ya 2,153 habitantes en el lugar.

El municipio es atravesado por los siguientes ríos: Huehuetán, Nejapa, Santo Domingo, Chamulapa, Cuyamiapa, Islamapa, Coapante y Tulapilla. El río Santo Domingo se une al Nejapa en Gibraltar. Los ríos Chamulapa, Cuyamiapa e Islamapa se unen y toman el nombre de Escobo. 

Poblaciones

Censo Municipal